O Curso de Mestrado em Geografia está estruturado em um módulo comum e em módulos temáticos específicos a partir das duas grandes linhas de pesquisa.
O Curso conta com quatro disciplinas obrigatórias, duas de formação básica e duas de conclusão de curso, direcionadas para a dissertação de mestrado; conta ainda com disciplinas eletivas e optativas.
As disciplinas eletivas constituem-se em um elenco de disciplinas de cada linha de pesquisa ofertadas a cada semestre, das quais o mestrando deverá cursar pelo menos quatro para completar os seus créditos; sendo que as disciplinas eletivas de uma linha de pesquisa constituem-se em disciplinas optativas para a outra linha de pesquisa.
Além destas disciplinas será oferecida uma variada gama de disciplinas, com temáticas específicas, sob a forma de Seminário Livre, das quais o mestrando deverá optar e cursar ao menos uma.